Zvýšit spolehlivost plavebního provozu rekonstrukcí plavební komory Kostomlátky a tím i zvýšit spolehlivost plavebního provozu na celé dopravně významné, využívané labské vodní cestě, která je součástí Transevropské dopravní sítě (TEN-T). Jedním z cílů rekonstrukce je zjednodušit a zkrátit údržbu a opravy komory. Nové povrchy zdí z betonových panelů jsou bezpečnější pro lavební provoz, prodlouží životnost komory minimálně o 30 let a zmenší plochy průsaku. Dovybavení plavební komory úvaznými prvky a žebříky splní současné nároky plavby. Odrazné trámce ochrání hladké líce zdí před poškozením plavidly. Modernizace elektroinstalace zajistí větší spolehlivost a komfort obsluhy.
Projekt byl spolufinancován Evropskou unií z Evropského fondu pro regionální rozvoj prostřednictvím Operačního programu Doprava, oblast podpory 6.2 Rozvoj a modernizace vnitrozemských vodních cest sítě TEN-T a mimo TEN-T.
Pro rekonstrukci zdí plavební komory byl zvolen již osvědčený způsob řešení, který byl použit na komorách v Brandýse nad Labem, Kolíně, Klavarech, Poděbradech, Lysé nad Labem a Čelákovicích.
Práce probíhaly v době odstávky, kdy byl lodní provoz na plavební komoře zastaven. Vzhledem k tomu, že odstávka na Labi mohla trvat pouze čtyři týdny, bylo nutné provést rekonstrukci plavební komory na dvě etapy. V první etapě, v podzimní odstávce roku 2008, proběhla rekonstrukce levé strany. V následující podzimní odstávce roku 2009 proběhla rekonstrukce pravé strany plavební komory.
Z hlediska parametrů měla stavba charakter modernizace, která neměnila rozměry plavební komory a zlepšila technické podmínky provozu. Stavba zahrnula kromě vlastní rekonstrukce zdí komory ve střední části komory i výstavbu nových plat komory na obou stranách. Zároveň byla provedena modernizace elektroinstalace a řídícího systému včetně automatizace provozu plavební komory.
Kamenný obklad spolu se zvětralou částí betonu za rubem obkladu byl ve střední části komory ubourán a po odtěžení odbouraného materiálu nahrazen obkladními železobetonovými panely. Panely byly osazeny ve dvou řadách nad sebou, spodní řada byla v místech plnících a prázdnících obtoků opatřena otvory. Prostor za panely byl zabetonován.
Obkladní panely byly namontovány včetně úvazných prvků, odrazných trámců a výklenků pro žebříky. V závěru montáže bylo dobudováno plato plavební komory včetně vázacích prvků. Nové povrchy zdí z betonových panelů prodloužily životnost komory a zmenšily plochy průsaku, odrazné trámce chrání hladké líce zdí před poškozením plavidly. Plavební komora byla dovybavena úvaznými prvky a žebříky splňujícími současné nároky plavby.
Plavební komora byla z části opatřena novou elektroinstalací včetně rozvaděčů, osvětlení a řídícího systému ovládání komory. Rozvody elektroinstalace byly uloženy v PE chráničkách, na směrových lomech a v uzlech byly osazeny šachty.